Theo quỹ Critical/Ecosystem Partnership Fund, Thủy điện dòng chính sẽ gây ra hàng loạt tác động tiêu cực cho toàn lưu vực: Trong khi thủy điện chỉ mang lại lợi ích trực tiếp đối với người tiêu dùng điện lưới quốc gia, các nhà phát triển, các nhà đầu tư tài chính và chính phủ các nước sở tại, hầu hết mọi chi phí và thiệt hại từ việc phát triển thủy điện lại đặt lên vai các cộng đồng nghèo ven sông dễ bị tổn thương và một số ngành kinh tế. Nếu được xây dựng, các đập dòng chính hạ nguồn Mê Kông sẽ làm thay đổi vĩnh viễn dòng chảy và bản chất tự nhiên của dòng sông, ảnh hưởng tới chất lượng và lưu lượng nước, suy giảm lượng phù sa màu mỡ, gây thiệt hại nghiêm trọng cho ngành thủy sản và nông nghiệp, ảnh hưởng sâu rộng tới đời sống và sinh kế của người dân sống ven sông và an ninh lương thực. Hệ thống đập cũng đe dọa hệ sinh thái thủy sinh và ven bờ, đẩy một số loài đặc hữu của sông Mê Kông vào thảm họa tuyệt chủng.[9]

Tác động của sự phát triển đập nước trên sông Mê Kông vào thủy sản

Các tác động của các đập nước về thủy sản cũng được nghiên cứu trên khắp thế giới. Nó đã được xác minh là các đập ảnh hưởng đến cách thức mà hệ sinh thái sông và môi trường thủy văn hoạt động. Xây đập sông là một quá trình rất mãnh liệt và gây nhiều ảnh hưởng mà kết quả là việc tạo ra một hệ sinh thái mới.[17]

Đập ảnh hưởng đến thủy sản về nhiều mặt:

• Nó cản trở việc di cư của cá. Việc di cư của cá là một sự kiện phức tạp và một phần cố hữu của chu kỳ sinh sản cá. Sự hiện diện của các đập nước ở lưu vực sông Amazon, ví dụ, đã làm ngưng việc di cư đường dài của một số loài cá da trơn, làm giảm sản lượng khai thác hạ nguồn lên đến 70 phần trăm.[18]
• Gián đoạn chu kỳ lũ tự nhiên mà cá đã thích nghi trong hàng ngàn năm.[17]
• Xơ cứng lòng sông. Đập thường xả nước với một lượng lớn, mà sẽ cuốn đi trầm tích nhỏ như bùn, cát, sỏi, cũng như thực vật thủy sinh, động vật và các mảnh vụn từ thực vật. Kết quả là, các nền đá dưới lòng sông bị lộ và sông sẽ mất giá trị của nó như là một môi trường sống cho cá.[17]
• Giữ trầm tích phía sau bức tường đập. Đập có hiệu quả cao giữ lại các trầm tích. Trầm tích là một nguồn quan trọng của dinh dưỡng cho cá.[17] ông Nguyễn Hữu Thiện – chuyên gia độc lập về ĐBSCL và thủy điện Mekong - cho là, các đập thủy điện ở Trung Quốc tác động đến ĐBSCL chủ yếu là làm giảm 50% lượng phù sa, ảnh hưởng đến độ màu mỡ đất đai và nông nghiệp và gây sạt lở bờ sông, bờ biển.[19]
• Thay đổi nhiệt độ nước. Nước được phát ra từ một con đập có một nhiệt độ khác (thường là thấp hơn) so với nhiệt độ tự nhiên ở hạ lưu. Khi nước được xả ra, nhiệt độ nước ở hạ lưu bị thay đổi nhanh chóng, có tác động trực tiếp đến môi trường sống của cá và quần thể.[20]

Campuchia có lẽ phải chịu đựng gánh nặng của thủy sản giảm, kết quả của việc phát triển đập, nhưng cả cộng đồng ven sông ở Lào [21] và Thái Lan,[22] cũng như cộng đồng người Việt ở đồng bằng sông Cửu Long cũng phải chịu sự mất mát.[21] Suy thoái thủy sản sẽ ảnh hưởng đến người nghèo một cách không cân đối, nhưng nghề cá một mình không thể giải quyết tất cả các nhu cầu phát triển và xóa đói giảm nghèo.[23] Đến năm 2030, nếu 11 đập dòng chính được xây dựng, số lượng chất đạm động vật có nguy cơ bị mất mỗi năm tương đương với 110% của các sản phẩm chăn nuôi hàng năm hiện nay của Campuchia và Lào.[21] Tiêu thụ cá có dự kiến sẽ tăng khi dân số trong khu vực tiếp tục phát triển và chế độ ăn uống tiếp tục cải thiện như là kết quả của việc phát triển gia tăng.[24]

Sự đa dạng về sinh học của thủy sản sẽ giảm đi trong vòng 20 năm tới như là kết quả của sự khai thác quá mức, sự đa dạng của môi trường sống cũng giảm đi và (ở một số địa điểm) cả chất lượng nước cũng suy giảm [21][25] Tại hạ lưu sông Mê Kông các đập trên dòng chính có thể sẽ dẫn đến việc mất năng suất và đa dạng sinh học của các loài di cư mà tới từ các dòng nhánh.[25]

Nếu, vào năm 2030, 11 đập được xây dựng trên dòng chính hạ lưu sông Mê Kông, dự báo tổng thiệt hại thủy sản sẽ lên đến từ 550.000 đến 880.000 tấn so với năm 2000 (giảm 26-42%). Đây là một sự mất mát của khoảng 340.000 tấn so với trường hợp trong năm 2030 nếu không có đập nào được xây thêm trên dòng chính cả.[21] Theo ước tính, chi phí cho sự mất mát về thủy sản là từ 200 triệu US$ [22] đến 476 triệu US$ một năm.[21] Các đập thủy điện ở dòng chính thượng lưu Viêng Chăn sẽ có ít tác động đến nguồn lợi thủy sản hơn những đập xa hơn đó ở hạ lưu.

Những tác động của các đập trên dòng chính với việc khai thác thủy sản khác nhau với từng dự án, tùy thuộc vào khoảng cách từ các vùng lũ lớn Mekong và vị trí liên quan đến các phụ lưu quan trọng của nó.[21] Các đập ở dòng nhánh cũng có tác động đáng kể về sản xuất thủy sản. Cùng đó, 78 đập tại các dòng nhánh được xây dựng hoặc đã lên kế hoạch tại lưu vực hạ lưu sông Mê Kông sẽ tạo ra ít năng lượng và gây ra nguy cơ lớn đối với môi trường, bao gồm tác động thảm khốc trong việc sinh sản của cá và sự đa dạng sinh học, hơn là 6 đập được hoạch định trên dòng chính hạ lưu sông Mekong.[26]

Lũ lụt và hạn hán

Do hệ thống các đập thủy điện được nhiều quốc gia xây dựng trên dòng chính của con sông đóng vai trò nguồn cung cấp nước chủ yếu cho Đồng bằng sông Cửu Long nên lượng nước đổ về đồng bằng sông Cửu Long từ sông Mê Kông bị giảm mạnh, và đó cũng là một trong hai nguyên nhân chính gây nên hạn hán miền Nam Việt Nam năm 2016[27], và tình trạng ngập mặn, hạn hán còn có thể kéo dài nhiều năm sau đó.